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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已提示出多方面的生物学可溶性，包涵抗肉瘤和抗病力毒做用。一般，三萜是使用甲羟戊酸行业镶嵌的，并从当然藤本植物和真菌感染中分离出。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上收录了题写“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的钻研论文范文。该钻研发展三萜类有机化合物虫草酸（GA）是按照液滴致力于的无柄虫草菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的动物转化成带来的。可以通过转录组和核脂肪酸组学的能力进而一个脚印探索世界无柄虫草粉菌丝体中DHT带来这两种虫草粉酸（GA）的机理，并表明两组学的能力查测到的不同人类基因和不同核核蛋白，推断DHT 动物聚合 GA 的有效途径。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录混合物析和职能的分类

展开对无柄野生灵芝细菌菌丝体展开转录组测序共得出67230个转录本和1429七个单DNA。在某些单DNA中，496个被鉴定结论为距离展现爱DNA（DEGs），各举213个展现爱调涨，279个展现爱下跌（图1A）。GO丰度分折后，DEGs包含生物制品整个环节（BP）、人体细胞核营养成分（CC）和大分子作用（MF）3类。在BP等级分类中，诞生了前八个子等级分类：抗菌素溶解基础基础分泌率整个环节，乙酸盐基础基础分泌率整个环节和甲酸盐基础基础分泌率整个环节;而在CC等级分类中，人体细胞核外区、突触挽回体、突触结构特征是前八个亚类。我们对MF等级分类，甲酸脱氢酶（NAD）活力、空气氧化复原酶活力和酸氨（或酰胺）拼接酶活力是前八个亚等级分类（图1B）。在DEGs的KEGG径路分折中，前30条丰度度最高的的径路含有27条应归基础基础分泌率，各举二氧化氮基础基础分泌率、乙醛酸盐和二羧酸盐基础基础分泌率、丙酸盐基础基础分泌率卫星信号径路特殊丰度（图1D）。

图1|转录酚类化合物析和效果分类整理

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

借助对无柄灵芝粉真菌感染菌丝体开展血清质组学参考值阐述，共分肯定了16,457种有趣肽、2606种血清质和2588种参考值血清质。在阈值法|FC|>1.2和p<0.05的建立能力下，你在2606种血清质中，94种被亲子鉴定为对比描述血清（DEPs），之中52种调涨，42种调整（图2A），图2C显现了对比描述血清的聚类阐述法参考值阐述热图。从GO参考值阐述来说，BP门类显现，绝大而言数DEPs操作醋酸钠盐消化吸收整个过程中中、抗菌药被分解掉转换成消化吸收整个过程中中和性药物被分解掉转换成消化吸收整个过程中中。CC类DEPs在组织外区、过硫化物酶体和微体中占有率高的人，硫化回归酶可溶性和甲酸脱氢酶（NAD）可溶性在MF类中DEPs的的比例高的人（图2B）。与转录组结杲相似性，KEGG径路参考值阐述显现，众多DEPs在消化吸收中聚集，之中3条最聚集的条件是光合菌物体中的碳做好固定、碳消化吸收和MAPK信息径路（图2D）。虽然，借助参考值阐述GO数据表库的CC对DEPs开展亚组织定位手机参考值阐述和标注（图2E），DEPs关键区域在组织质（40.66%）、组织膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），按理来说上是GAs菌物体分解成的关键职位。

图2|核高蛋白组的按量探讨和功效核实

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

糊口物转为和剖析组获选DEGs和DEPs生产了维恩图，有20个文化差异传达表观遗传（图3A）。对转录组和蛋清质组中E组和C组总计有的DEGs/DEPs开始聚类算法研究了解，发现mRNA和蛋清质中有14个调整表观遗传和4个下跌表观遗传，DEGs二者翻譯的DEPs传达情况呈正想关，针对Pearson的想关数值研究了解，在转录组和蛋清质组中验测到对于较高的想关性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）查重可是表示，E组和C组1多个DEGs的表明水平方向不一样性有明显，进来9个为上涨DEGs，多个为调整DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的表明未来趋势与转录类物质析可是一样。

图3|蛋清质组的化学发光法深入分析和特点检验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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