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网络药理学揭示草酸钙肾结石氧化应激和炎症损伤机制

发布时间:2024-08-02
草酸钙(CaOx)肾结石是泌尿整体最应见的病毒的一个。肾组织开展中CaOx单晶体过饱满沉积物会促使肾小管细胞核磨损和凋亡,因而促使肾结石的行成。短链脂肪含量酸酸由胃肠内生物滤池螨虫发孝伙食黏胶纤维会产生,不止在边缘胃肠深层中充分调动做用,所以在整体情况上也充分调动核心做用。至少,丁酸是最充实的短链脂肪含量酸酸,享有免疫检测能够抑制和免疫检测能够抑制做用,本研究研究综述研究综述丁酸对CaOx肾结石的做用还有其自身靶点。

围绕草酸钙肾结石相关机制研究,华山医院科室泌尿美容外科吴忠教导、周子健研究生于今年5月在Chem Biol Interact发表了相关成果,7月4日该团队又有一篇新作发表。吴忠教学、周子健硕士生在Food and Chemical Toxicology(IF=4.3)上发表题为“Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9”的研究文章。研究人员发现丁酸在体外和体内均能抑制CaOx肾结石模型的氧化应激和炎症损伤,并利用网络药理学预测发现CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的靶基因,最后通过细胞实验证实CYP2C9在草酸诱导的HK-2细胞损伤模型中的作用。拜谱生物学与吴忠教授、周子健博士团队再次合作,提供了线上药学学服务管理,助力预测CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的潜在靶点,为丁酸预防CaOx肾结石产生的临床应用奠定理论基础。

文章标题标题:Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9(Food Chem Toxicol.,IF=4.3,2023.07) 消费者的单位:华山医院专家 科研对方:大鼠、HK-2内部 排序资料:相较比较组(Con)、绘图组(Model)和丁酸钠组(NaB) 拜谱带来科技:wifi网络药理学学检则

理念环节图

设计结杲

的理论研究职工首选融合大鼠实体模形,采用生理特点生物化指标英文和安排病症学染色剂等的理论研究策略发觉丁酸还可以缩短CaOx实体模形大鼠肾CaOx结晶体的型成和拉伤,改善CaOx实体模形大鼠的真菌感染拉伤和被脱色东西的优化展现。再者,丁酸还可缓和草酸分析的HK-2神经细胞核拉伤、被脱色应激反应和神经细胞核凋亡。 为探究性学习丁酸节构设计和靶染色体组遗传线上,研究定性介绍的人员从PubChem提取丁酸和丁酸酯的二维和3d节构设计(图1A)。根据PharmMapper数据报告定性介绍库和Uniprot数据报告定性介绍库整理后共选择出115个丁酸靶染色体组遗传供进1步定性介绍。将染色体组遗传下拉列表导进STRING数据报告定性介绍库,实行PPI线上定性介绍。Cytoscape如下了排顺的前20的核心区靶染色体组遗传的详细讲解线上图,例如CYP2C9、CASP3、MAPK14、ALB、HRAS、ABL、RARA、RARG、RXRB、PRKACA、NOS3、SRC、MMP9、KDR、HSP90AA1、HPGDS、GSTA3、GSTA1、GSR和GSTM2(图1B)。许多核心区染色体组遗传与线上中的其余染色体组遗传均突出表现出很大的对应内容性,解释许多染色体组遗传将会充分调动着融合的功效。GO和KEGG定性介绍探求了丁酸核心区染色体组遗传的对应内容路经和怪物技术学功用(图1C)。核心区染色体组遗传一般与类固醇刺缴素回应、被氧化物应激性状态回应、化学上活化氧血细胞对类固醇刺缴素刺击的化学上不起效果及其对强酸化学上材质的化学上不起效果关于。上面说明,许多核心区染色体组遗传一般积极参与了被氧化物应激性状态和对化学上活化氧的怪物技术化学上不起效果时,是肾结石生成策略中至关关键的路经,这揭示丁酸将会在肾结石中充分调动关键的功效。

图1| 丁酸结构特征与靶染色体网络数据深入分析(图源:Zijian Zhou., et al., Food Chem Toxicol.

为进1步探索世界丁酸对CaOx肾结石实际上切靶什么是dna,论述工作员应用GEO数据文件源库对GSE73680中安全剖析与CaOx肾结石病号的什么是dna不同展开了论述。剖析组与CaOx结石病号的各种想关性性不同体现什么是dna(DEGs)肿瘤筛查要求为P < 0.05、|log2(FC)| > 1。共需求到3783个什么是dna突发各种想关性不同,但其中3379个(89.4%)什么是dna体现调涨,404个(10.6%)什么是dna体现变动(图2A)。对DEGs展开聚类分析法算法数据文件分析,热图展现了前10个被选中DEGs的二维细化聚类分析法算法症状(图2B)。继而,论述工作员确认GeneCards数据文件源库人工费检测了370个会与CaOx肾结石各种想关的什么是dna,的排名前20位的推测什么是dna及各种想关性评分表如图甲图示2C图示。考虑到找出丁酸医治CaOx肾结石的重要的靶点,论述工作员将PharmMapper中的丁酸靶点、GEO中的DEGs和GeneCards中的CaOx肾结石各种想关什么是dna办理达到新一个Venn图。决定,CYP2C9被知道为丁酸影响力CaOx肾结石的未知靶点(图2D)。因此,论述工作员还展开了丁酸与CYP2C9的氧分子连接,CYP2C9的六个碳水化合物残基ASN-474、LYS-48和GLY-46与丁酸能够 功用,氢键能为4.2 kcal/mol(图2E)。 在合理利用互联网药剂学学预侧CYP2C9是丁酸影响力CaOx肾结石的靶表观遗传后,研发成员还根据受损细胞膜實驗印证了CYP2C9可变低草酸诱导型的HK-2受损细胞膜的ROS标准、感染损害和凋亡。

图2| 大部分据库连合数据分析预计CYP2C9是丁酸的作用于CaOx肾结石的靶dna

的研究结杲

本探究率先感觉丁酸在休外和身体均能控制CaOx肾结石三维模型的防氧化物应激反应状态和慢性宫颈支原体感染损害,很快确认网上药学学学淘汰达到丁酸影响到CaOx肾结石的潜在的靶点——CYP2C9,最好确认受损组织细胞实践查证CYP2C9在草酸盐诱惑的HK-2受损组织细胞ROS情况、慢性宫颈支原体感染损害和凋亡。这个感觉呈现丁酸已经确认控制CYP2C9来控制CaOx肾结石的防氧化物应激反应状态,减少慢性宫颈支原体感染损害。某一历程中拜谱微怪物出具了网上药学学学能力服務,显然拜谱微怪物可增加熟透不断完善的基因遗传组学、淀粉酶质组学、分解代谢组学等两组学物品及能力服務,的欢迎拨打了解和咨询! 关联性论文资料:Zhou Z, Zhou X, Zhang Y, Yang Y, Wang L, Wu Z. Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9. Food Chem Toxicol. 2023 Aug. doi: 10.1016/j.fct.2023.113925.
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